Grunnrannsóknir eru undirstaða ráðgjafar. Ráðgjöf verður aldrei betri en sú þekking sem hún byggir á. Hér verða nefnd örfá dæmi um grunnrannsóknir stofnunarinnar.
Vöktun þriggja lykiláa fer fram og er fylgst með öllum lífstigum laxins. Upplýsingarnar, sem aflað er, eru notaðar ásamt öðrum gögnum í vísindavinnu laxanefndar Alþjóða Hafrannsóknaráðsins (ICES).
Yfirlitskönnun íslenskra vatna er grunnrannsókn sem unnið er að í samvinnu við aðrar rannsóknastofnanir. Þar er safnað upplýsingum um stöðuvötn, umhverfi þeirra og lífríki, svo og stofngerð fiskjar í vötnunum.
Stofnunin hefur verið brautryðjandi í notkun og tekið þátt í þróun rafeindamerkja með Stjörnu Odda h/f. Merkin eru fest á eða í sjógenginn fisk til að afla upplýsinga um sjávarskilyrði og far laxfiska í sjó. Nýjasta í þeirri þróun er smátt merki sem unnt verður að setja á laxagönguseiði og mælir merkið umhverfisþætti og staðsetningu laxins.
Stofnunin átti einnig frumkvæði að smíði fiskteljara til notkunar í ám og hefur tekið þátt í þróun hans með Vaka h/f. Slíkir teljarar eru nú í notkun víða um land og hafa einnig í vaxandi mæli verið teknir í notkun erlendis.
Þróun úrvinnslu á aldurslestri og vaxtarmælingu á hreistri fiska með myndgreinitækni.
Þróun í tölvuvinnslu líffræðilegra gagna úr veiðiskýrslum.
Nýting og veiðistjórnun í ám með litla laxastofna.
Áhrif hnattrænna breytinga á vistkerfi ferskvatns – EURO-LIMPACS. Um er að ræða rannsóknarverkefni styrktu af 6. rammaáætlun Evrópusambandsins með þátttöku 37 rannsóknastofnanna í Evrópu og Kanada. Meginmarkmið verkefnisins er að meta áhrif hnattrænna breytinga á vistkerfi ferskvatna í Evrópu. Sérstök áhersla er lögð á að tvinna saman rannsóknir á ólíkum vistkerfum og taka rannsóknirnar jafnt til stöðuvatna, straumvatna og votlendis. Hérlendis taka fjórar rannsóknastofnanir þátt í verkefninu.
Vistfræði tjarna og smávatna. Rannsóknaverkefni sem unnið er í samvinnu við þrjár innlendar rannsóknastofnanir. Meginmarkmið rannsóknanna er að afla grunnupplýsinga um vistfræði tjarna á hálendum heiðum, að meta breytileika í samfélagsgerðum smádýra í tjörnum á mismunandi landfræðilegum skölum og að ráða í hvaða þættir það eru sem helstir móta samfélög smádýra sem finnast í tjörnum og smávötnum.
Vatnsföll á Íslandi. Meginmarkmið rannsóknarinnar er að fá sem gleggsta mynd af vistfræði straumvatna á mismunandi berggrunni og með mismunandi vatnasviðseinkenni m.a. til flokkunar og vöktunar. Verkinu er í umsjón sérfræðinga af þremur innlendum rannsóknastofnunum.
Þjónusturannsóknir
Stofnunin stundar rannsóknir fyrir ýmsa aðila. Má þar nefna raforkufyrirtæki, veiðifélög, sveitarfélög og framkvæmdaaðila. Landsvirkjun og Reykjavíkurborg eru stærstu aðilarnir á þessu sviði.
Stærstu verkefnin tengjast virkjunum og felast í að meta áhrif virkjana á fiskgengd og nýtingarmöguleika, auk þess að benda á leiðir til að draga úr neikvæðum afleiðingum. Vöxtur er í þessum verkefnum með tilkomu fleiri virkjana.
Þjónusturannsóknir fyrir veiðifélög felast fyrst og fremst í vöktun fiskstofna. Mikilvægt er fyrir veiðifélög að vita hvort veiðistofn þeirra sé nýttur á sjálfbæran hátt og geta miðlað upplýsingum til áhugasamra veiðimanna. Veitt er ráðgjöf um veiðinýtingu og um hvort og þá hvernig auka má fiskgengd. Í sumum tilfellum hafa verið gerðir þjónustusamningar við veiðifélög um slíka þjónustu.
Stofnunin hefur í vaxandi mæli komið að umhverfismati vegna framkvæmda í eða við vötn.
Stofnunin hefur einnig á síðustu árum unnið að kortlagningu áa með tilliti til uppeldis- og hrygningarskilyrða fyrir arðskrármat veiðifélaga.
